สารนี้ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์และเคมียา โดยทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างแบบ chiral สำหรับการเตรียมโมเลกุลชีวภาพที่ซับซ้อน การประยุกต์ใช้หลักคือการป้องกันหมู่อะมิโนในระหว่างการคู่เปปไทด์แบบเฟสแข็งหรือเฟสละลาย โดยเฉพาะในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่มีโครงสร้างซึ่งการควบคุมสเตอรีโอเคมีมีความสำคัญ การมีทั้งกลุ่มป้องกัน Fmoc และ Boc ช่วยให้สามารถใช้กลยุทธ์การถอดป้องกันแบบ orthogonal ได้ ทำให้สามารถปล่อยหมู่อะมิโนแบบเลือกเพศโดยไม่กระทบต่อกลุ่มฟังก์ชันอื่น สิ่งนี้ทำให้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการประกอบเปปไทด์หลายเซกเมนต์แบบขั้นตอน และในการพัฒนายับยั้งโปรติเอส ลิแกนด์รีเซปเตอร์ และตัวแทนเภสัชภัณฑ์อื่นๆ ที่ต้องการสเตอรีโอเคมีที่แม่นยำ โครงสร้าง piperidine ยังช่วยสนับสนุนการจำกัดคอนฟอร์เมชัน ซึ่งสามารถเพิ่มความเลือกเพศในการจับและความเสถียรทางเมแทบอลิซึมในการออกแบบยา