ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกสร้างแบบ chiral สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยมีกลุ่มเมทอกซีบนสายข้าง กลุ่ม Fmoc ช่วยให้สามารถใช้กลยุทธ์ป้องกันแบบ orthogonal ในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งอนุญาตให้ทำการ deprotection แบบเลือกสรรภายใต้สภาวะเบสอ่อน ขณะที่รักษาความเสถียรระหว่างขั้นตอนการ coupling การกำหนดค่า (R) มีคุณค่าต่อการนำเสนอโมติฟกรดอะมิโนที่ไม่เป็นธรรมชาติซึ่งกำหนด stereochemistry ลงในเปปไทด์ สิ่งนี้สามารถมีอิทธิพลต่อโครงสร้างเชิงพื้นที่ (conformation) การเข้าถึงทางชีวภาพ (bioavailability) และความเลือกสรรของตัวรับ (receptor selectivity) สายข้างกรดเมทอกซิบิวเทโนอิกสามารถทำหน้าที่เป็นตัวเลียนแบบ (mimic) สำหรับส่วนประกอบของกรดอะมิโนธรรมชาติ หรือเป็นจุดยึดฟังก์ชันสำหรับการดัดแปลงเพิ่มเติม ทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนาเปปไทด์เลียนแบบ (peptidomimetics) สารยับยั้งเอนไซม์ และสารกลางในการวิจัยเภสัชกรรม