ใช้เป็นตัวกลางเคมีที่มีคีรอล (chiral intermediate) ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรติเอส (protease inhibitors) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ หมู่ฟังก์ชันที่ได้รับการป้องกันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรได้ในระหว่างการเชื่อมต่อเปปไทด์และการสังเคราะห์แบบอะซิมเมตริก (asymmetric synthesis) นิยมใช้ในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์หลายขั้นตอนที่การควบคุมสเตอรีโอเคมีมีความสำคัญ หมู่เบนซิลและ Boc ช่วยให้กลยุทธ์การถอดป้องกันแบบออร์โธกอนัล (orthogonal deprotection strategies) ทำให้มีคุณค่าในกระบวนการผลิตเปปไทด์แบบเฟสของแข็งและแบบสารละลาย (solid-phase and solution-phase) นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมยับยั้งเอนไซม์และยาที่กำหนดเป้าหมายที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์กรดอะมิโน (amino acid analogs)