ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นตัวรีเอเจนต์กลุ่มปกป้องเฉพาะทาง โดยเฉพาะสำหรับกรดอะมิโนซิสเตอีน โครงสร้าง 3-nitropyridin-2-yl disulfide ช่วยให้เกิดการสร้างพันธะ disulfide อย่างอ่อนโยนและเลือกเฉพาะ ซึ่งสำคัญต่อการเตรียมเปปไทด์และโปรตีนที่มีโครงสร้างซับซ้อน กลุ่ม Fmoc ทำให้เข้ากันได้กับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็งมาตรฐาน (SPPS) สามารถประกอบแบบขั้นตอนภายใต้สภาวะเบสโดยรักษาคุณสมบัติ disulfide ไว้ สารนี้มีคุณค่ามากในการพัฒนาเปปไทด์บำบัดที่ต้องการการจับคู disulfide ที่แม่นยำเพื่อกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังช่วยตรวจสอบการสร้างพันธะ disulfide อย่างมีประสิทธิภาพ เนื่องจากคุณสมบัติ chromogenic ของผลพลอยได้ 3-nitropyridinethione ที่ปล่อยออกมา ซึ่งสามารถตรวจจับได้ด้วยวิธี spectrophotometry