ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารนี้ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างแบบคิรัลสำหรับนำเข้าส่วนย่อยของกรดอะมิโนที่ถูกขัดขวางทาง steric การประยุกต์ใช้หลักอยู่ในกระบวนการเตรียมเปปไทด์ที่ซับซ้อนซึ่งการควบคุม stereochemical มีความสำคัญ กลุ่ม tert-butoxy ช่วยรักษาความเสถียรของตัวกลางและป้องกันปฏิกิริยาไม่พึงประสงค์ระหว่างขั้นตอนการจับคู่ (coupling) มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) เมื่อต้องการการควบคุมโครงสร้างเชิง space ที่แม่นยำ เช่น ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ (enzyme inhibitors) หรือเปปไทด์ชีวภาพ (bioactive peptides) กลุ่ม fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) ช่วยให้สามารถกำจัดได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้เข้ากันได้กับโปรโตคอล Fmoc-strategy มาตรฐาน โครงสร้างของมันสนับสนุนประสิทธิภาพการจับคู่สูงและการเกิด epimerization น้อย ซึ่งจำเป็นสำหรับการได้เปปไทด์สังเคราะห์ที่มีความบริสุทธิ์สูง นอกจากนี้ กลุ่ม tert-butoxy ยังป้องกันหมู่ hydroxyl ใน side chain ของ threonine ทำให้เสถียรต่อสภาวะเบสในการ deprotect Fmoc และสามารถกำจัดได้ด้วยกรด เช่น TFA ในขั้นตอนสุดท้าย