ใช้ (R)-2-Methylmorpholine เป็นสารช่วยทางชิรัล (chiral auxiliary) และสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาที่ต้องการสเตอรีโอเคมี (stereochemistry) ที่สำคัญ โครงสร้างของมันช่วยสนับสนุนการเหนี่ยวนำแบบไม่สมมาตร (asymmetric induction) ทำให้มีคุณค่าในการพัฒนายาที่บริสุทธิ์ทางเอนานติโอเมอร์ (enantiomerically pure drugs) ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ส่วนประกอบยาสำคัญ (active pharmaceutical ingredients: APIs) ที่ต้องการการวางแนวเชิงพื้นที่เฉพาะสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพ นอกจากนี้ยังใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาหรือสารกลางในปฏิกิริยาเคมีเฉพาะทาง รวมถึงการอัลคิลเลชัน (alkylations) และการไซคลิเซชัน (cyclizations) ความโพลาร์และความเป็นเบสของมันทำให้เหมาะสมเป็นตัวทำละลายหรือสื่อปฏิกิริยาในกระบวนการเร่งปฏิกิริยาบางชนิด