ใช้เป็นสารช่วยทางชิรัลและสารตัวแยกในกระบวนการสังเคราะห์แบบไม่สมมาตร โดยเฉพาะในการแยกเอนแอนติโอเมอร์ของกรดและเบสชิรัล โครงสร้างไซโคลเฮกซานอลที่แข็งแรงพร้อมสเตรีโอเซนเตอร์หลายแห่งทำให้มีประสิทธิภาพในการก่อตัวคอมเพล็กซ์ไดแอสทีรีโอเมอร์ที่แตกต่างกันในด้านความสามารถในการละลาย ส่งผลให้สามารถทำให้บริสุทธิ์โดยการตกผลึก ใช้กันอย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมสำหรับการสังเคราะห์ยาที่บริสุทธิ์ทางเอนแอนติโอเมอร์ โดยเฉพาะเบต้า-บล็อกเกอร์และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ ที่ต้องการความเที่ยงตรงทางสเตรีโอเคมีสูง นอกจากนี้ยังนำมาใช้ในด้านการเร่งปฏิกิริยา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นของลิแกนด์ในกระบวนการแปลงแบบเลือกสเตรีโอ