ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง โดยเฉพาะในขั้นตอนการสร้างโครงสร้างเปปไทด์ที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงของรูปแบบเชิงพื้นที่ (stereochemistry) เนื่องจากหมู่ Fmoc ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน โดยไม่ทำลายพันธะเปปไทด์หรือหมู่ฟังก์ชันอื่น ๆ โครงสร้างเพอพิริดีนที่มีหมู่เบนซิลช่วยเพิ่มความเป็นลิโพฟิลิก และสามารถใช้เป็นโครงสร้างหลักในการออกแบบสารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารยับยั้งเอนไซม์หรือสารออกฤทธิ์ต่อตัวรับเฉพาะ นิยมใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาใหม่ที่ต้องการความจำเพาะสูง