ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์เปปไทด์และสารประกอบที่มีโครงสร้างเปปไทด์ โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงสูง เช่น ยาต้านไวรัสหรือยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท โครงสร้างที่มีหมู่ Boc (tert-butoxycarbonyl) ช่วยป้องกันหมู่อะมิโนระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ ทำให้ควบคุมทิศทางของปฏิกิริยาได้อย่างแม่นยำ หลังจากนั้นสามารถกำจัดหมู่ Boc ออกได้ง่ายโดยใช้กรด เพื่อให้เกิดผลิตภัณฑ์เปปไทด์ที่ต้องการ นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีเพื่อสร้างสารตั้งต้นที่มีโครงสร้างเฉพาะสำหรับศึกษาการทำงานของเอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์