ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะเป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาที่มีโครงสร้างเปปไทด์หรือสารยับยั้งเอนไซม์ นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างโครงสร้างของกรดอะมิโนที่มีความเฉพาะตัวสูง โดยหมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันไนโตรเจน ช่วยควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่งที่ต้องการ และสามารถถอดหมู่นี้ออกได้ง่ายภายหลังในขั้นตอนการสังเคราะห์ต่อเนื่อง เหมาะสำหรับการพัฒนายาที่ต้องการความบริสุทธิ์และโครงสร้างสามมิติที่แม่นยำ