ใช้เป็นชิ้นส่วนก่อสร้างแบบ chiral ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการเตรียมยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ หน้าที่อะมิโนและเอมีนที่ได้รับการป้องกันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่แบบเลือกสรร ทำให้มีคุณค่าสำหรับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสตายตัว (solid-phase peptide synthesis) ใช้กันทั่วไปในการพัฒนายับยั้งโปรตีเอสและโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ ที่สเตอริโอเคมีมีความสำคัญ การป้องกันด้วย Boc บนเอมีนช่วยให้มีความเสถียรระหว่างปฏิกิริยาและสามารถกำจัดการป้องกันได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน สนับสนุนการประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนแบบขั้นตอนต่อเนื่องที่มีประสิทธิภาพ