ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกลุ่มยับยั้งเอนไซม์หรือสารที่ออกฤทธิ์ต่อเป้าหมายเฉพาะในเซลล์ เช่น โปรตีนคินาส หรือช่องไอออน เนื่องจากโครงสร้างมีหมู่อะมิโนและคลอโรพิริไมดีน ซึ่งสามารถทำหน้าที่เป็นโครงสร้างหลักในการออกแบบยาที่ต้องการความจำเพาะสูง นิยมใช้ในขั้นตอนการวิจัยและพัฒนายาต้านมะเร็ง หรือยารักษาโรคเรื้อรังที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณผิดปกติในเซลล์