ใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาหรือสารทำปฏิกิริยาในปฏิกิริยาการฟลูออรีน โดยเฉพาะในการเตรียมยาฟลูออรีนและสารเคมีเกษตร สารแอนไอออนไตรฟลูออโรอะซีเตตช่วยเพิ่มความละลายและความเสถียรในตัวทำละลายขั้ว ทำให้เหมาะสำหรับการปรับเปลี่ยนเปปไทด์และกระบวนการติดฉลาก นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการสังเคราะห์โพลิเมอร์ที่ถูกฟังก์ชันนาไลซ์ซึ่งมีคุณสมบัติต้านทานความร้อนและสารเคมีที่ดีขึ้น นิยมใช้ในงานวิจัยสำหรับพัฒนาโมเลกุลชีวภาพใหม่ เนื่องจากมีปฏิกิริยาที่เลือกเฉพาะและเข้ากันได้ดีกับสารตั้งต้นที่อ่อนไหว