สารนี้ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในเทคนิคการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งมีการป้องกันหมู่อะมิโนด้วยหมู่ Fmoc (9H-fluoren-9-ylmethoxycarbonyl) เพื่อควบคุมการเกิดปฏิกิริยาเฉพาะตำแหน่ง โครงสร้างที่มีหมู่ 1,3-dioxoisoindolin-2-yl ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันชั่วคราวสำหรับหมู่ไซด์เชนของกรดอะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายหลังในขั้นตอนการสังเคราะห์ ส่วนหมู่กรดคาร์บอกซิลิกช่วยให้สามารถเชื่อมต่อกับเรซินหรือหน่วยเปปไทด์อื่นได้ จึงเหมาะสำหรับการสร้างเปปไทด์ที่มีลำดับเฉพาะและโครงสร้างซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านชีวเคมีและพัฒนายา