สารซาราโฟลอกซาซิน ไฮโดรคลอไรด์ ใช้เป็นยาปฏิชีวนะในสัตวแพทย์ โดยเฉพาะในการรักษาการติดเชื้อแบคทีเรียในสัตว์ปีกและสัตว์เศรษฐกิจ เช่น โรคปอดอักเสบ หรือการติดเชื้อในระบบทางเดินหายใจและระบบทางเดินอาหาร ออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ที่จำเป็นต่อการจำลองดีเอ็นเอของแบคทีเรีย ทำให้แบคทีเรียไม่สามารถเจริญเติบโตและแพร่พันธุ์ได้ จึงมีประสิทธิภาพต่อเชื้อแบคทีเรียทั้งชนิดแกรมบวกและแกรมลบ นิยมใช้ในรูปแบบผสมในน้ำดื่มหรืออาหารสัตว์เพื่อควบคุมการระบาดของโรคในฟาร์ม อย่างไรก็ตาม การใช้ต้องอยู่ภายใต้การควบคุมเพื่อป้องกันการดื้อยาและตกค้างของสารในผลิตภัณฑ์สัตว์