ใช้ซัลฟาเลนเป็นยาปฏิชีวนะในกลุ่มซัลฟา สำหรับรักษาการติดเชื้อแบคทีเรีย โดยเฉพาะในการติดเชื้อระบบทางเดินปัสสาวะ มีฤทธิ์ยับยั้งการเจริญเติบโตของแบคทีเรียบางชนิด โดยทำงานร่วมกับสารอื่นเช่น ไตรเมโทพริม เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการรักษา นิยมใช้ในรูปแบบยาร่วมผสมเพื่อรักษาอาการติดเชื้อเรื้อรังหรือซ้ำกลับ อย่างไรก็ตาม ปัจจุบันการใช้ซัลฟาเลนลดลงเนื่องจากมีทางเลือกของยาที่มีผลข้างเคียงน้อยกว่าและออกฤทธิ์เร็วกว่า