ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักที่มีความเป็นคีรอลในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ต้องการโครงสร้างมอร์โฟลีนที่มีความเฉพาะตัวทางสเตอริโอเคมี สารนี้มีความสำคัญในการสร้างสารกลางที่ใช้ในสังเคราะห์ยาต้านมะเร็ง ยาต้านจุลชีพ และสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากหมู่คลอโรเมทิลสามารถทำปฏิกิริยาต่อเนื่องได้หลากหลาย เช่น การแทนที่นิวคลีโอไฟล์ ทำให้เหมาะสำหรับการดัดแปลงโครงสร้างโมเลกุลในขั้นตอนการพัฒนายาใหม่