ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยหลักสำหรับการนำกรดอะมิโนที่ป้องกันแบบออร์โธกอนัล (orthogonally protected) เข้าไปในโซ่เปปไทด์ที่กำลังเติบโต การประยุกต์ใช้หลักอยู่ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (SPPS) ซึ่งหมู่ Fmoc ให้การป้องกัน Nα-amino ชั่วคราวที่สามารถกำจัดออกได้อย่างเลือกสรรภายใต้สภาวะเบสอ่อน โดยคงไว้ซึ่งหมู่ป้องกันอื่นๆ หน้าที่ของอัลไคน์ในโซ่ข้างช่วยให้สามารถใช้ในการ cycloaddition azide-alkyne ที่เร่งด้วยทองแดง (CuAAC) click chemistry ซึ่งช่วยให้การเชื่อมโยงทางชีวภาพ (bioconjugation) ที่มีประสิทธิภาพ การติดฉลากด้วยฟลูออเรสเซนต์ หรือการตรึงบนพื้นผิว ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนายาเปปไทด์ วัสดุชีวภาพ (biomaterials) และโปรบวินิจฉัย (diagnostic probes) โครงสร้างคล้ายไลซีนที่มีพันธะอะไมด์คู่ยังสนับสนุนการสร้างเปปไทด์แบบกิ่งและ peptidomimetics