ใช้ (S)-2-Aminooctane เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะในกระบวนการผลิตยาที่ต้องการความเฉพาะตัวของไอโซเมอร์แบบสเตอริโอ (stereoselective synthesis) เนื่องจากมีหมู่อะมิโนและโครงสร้างคาร์บอนที่ไม่สมมาตร ทำให้สามารถนำไปใช้สร้างสารชีวโมเลกุลที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงในการออกฤทธิ์ เช่น ยาแก้ซึมเศร้า ยากระตุ้นระบบประสาท หรือสารยับยั้งเอนไซม์บางชนิด นอกจากนี้ยังใช้เป็นรีเอเจนต์ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะการศึกษาเกี่ยวกับการเร่งปฏิกิริยาแบบไม่สมมาตร (asymmetric catalysis)