ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีความเฉพาะตัว โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม เป็นสารตั้งต้นที่สำคัญในการสร้างเปปไทด์หรือสารที่มีโครงสร้างคล้ายเปปไทด์ ซึ่งมีบทบาทในการพัฒนายาที่ต้องการความจำเพาะสูงต่อเป้าหมายทางชีวภาพ เช่น เอนไซม์หรือตัวรับในเซลล์ นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในขั้นตอนการป้องกันหมู่ฟังก์ชันระหว่างการสังเคราะห์หลายขั้นตอน เนื่องจากหมู่ tert-butoxycarbonyl (Boc) สามารถป้องกันหมู่อะมิโนได้อย่างมีประสิทธิภาพและถอดออกได้ภายใต้สภาวะกรดอ่อน โดยไม่ทำลายโครงสร้างอื่นๆ ของโมเลกุล