ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ประกอบนี้ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่แบบเลือกสรรเนื่องจากกลุ่ม Fmoc ซึ่งแตกตัวได้ด้วยฐานและคงตัวภายใต้สภาวะกรด โครงสร้าง quinoline ให้คุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นประโยชน์ในการออกแบบเปปไทด์ชีวภาพ โดยเฉพาะในเคมียารักษาโรคสำหรับพัฒนายับยั้งเอนไซม์หรือลิแกนด์ตัวรับ การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็งซึ่งกลยุทธ์ Fmoc เป็นมาตรฐาน อนุญาตให้ประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนแบบขั้นตอนด้วยความบริสุทธิ์สูง นอกจากนี้ ประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นตัวกลางในการสังเคราะห์เปปไทด์ที่ติดฉลากเรืองแสง โดยใช้คุณสมบัติที่ตรวจจับได้ของกลุ่ม fluorenyl ยังถูกใช้ในสถานที่วิจัยเพื่อเตรียมโพรบสำหรับศึกษาการโต้ตอบโปรตีน–โปรตีนหรือเส้นทางเซลล์