ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์เป็นหน่วยย่อยอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะในสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง (solid-phase synthesis) หมู่ Fmoc ให้การป้องกันชั่วคราวแก่หมู่อะมีน ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาคูปริงแบบเลือกสรร หมู่อัลคีนช่วยให้สามารถดัดแปลงหลังการประกอบผ่านเคมีคลิกหรือไฮโดรเจนเนชัน ในขณะที่กรดคาร์บอกซิลิกช่วยในการสร้างพันธะอะไมด์ ใช้กันทั่วไปในการเตรียมเปปไทด์ที่มีโครงสร้างและเพปโตไหมเมติกส์ที่สเตอรีโอเคมีและการทำงานของสายข้างมีความสำคัญ หมู่ฟีนิลและฟลูออรีนิลเพิ่มลักษณะไฮโดรโฟบิกและช่วยในการทำให้บริสุทธิ์ผ่าน HPLC