ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่มีซัลเฟอร์ หมู่ทริฟลูออโรเมทิลและบรอมโมช่วยให้เกิดปฏิกิริยาครอส-คัปพลิงแบบเลือกเพศ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรคสำหรับการสร้างโครงสร้างอินทรีย์ที่ซับซ้อน ใช้บ่อยในการเตรียมตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ เนื่องจากหมู่ทริฟลูออโรเมทิลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึม นอกจากนี้ยังใช้ในการออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ๆ โดยโครงสร้างเบนโซไทโอเอทช่วยเพิ่มความจำเพาะและประสิทธิภาพต่อเป้าหมาย