ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ในฐานะหน่วยย่อยกรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน กลุ่ม Fmoc ช่วยให้สามารถถอดการป้องกันด้วยฐานอ่อน (mild base-labile deprotection) ซึ่งช่วยในการประกอบเปปไทด์แบบขั้นตอนโดยไม่กระทบต่อกลุ่มป้องกันอื่นๆ การป้องกันด้วย tert-butoxycarbonyl (Boc) บนสายข้างให้ความเสถียรแบบ orthogonal ในระหว่างการสังเคราะห์ ทำให้เหมาะสำหรับลำดับเปปไทด์ที่ซับซ้อน การเชื่อมโยงโพลีเอเทอร์และเอสเตอร์ช่วยเพิ่มความละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ทั่วไป ส่งผลให้ประสิทธิภาพการจับคู่ดีขึ้น ใช้อย่างแพร่หลายในการเตรียมเปปไทด์ที่มีโครงสร้าง คอนจูเกตเปปไทด์ และเปปไทด์โทมิมิติกส์สำหรับการวิจัยเภสัชกรรมและชีวเคมี