ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมที่ต้องการสร้างเปปไทด์ที่มีโครงสร้างเฉพาะเจาะจง ด้วยคุณสมบัติของหมู่ Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ที่ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันหมู่อะมิโน ซึ่งสามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน ทำให้เหมาะสมกับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) นอกจากนี้ โครงสร้างที่มีฟลูออรีนสองอะตอมบนวงแหวนฟีนิลช่วยเพิ่มความเสถียรและฤทธิ์ทางชีวภาพในบางกรณี จึงนิยมใช้ในงานพัฒนายาที่ต้องการความจำเพาะสูงต่อเป้าหมายทางชีวภาพ