ใช้หลักในการสังเคราะห์เปปไทด์ในฐานะบล็อกก่อสร้างแบบ chiral สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ช่วยให้สามารถประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนได้อย่างควบคุมด้วยสเตอรีโอเคมีที่กำหนด กลุ่ม Fmoc ให้การป้องกันที่ละลายด้วยเบสสำหรับหมู่อะมีน อนุญาตให้การถอดป้องกันแบบเลือกเพศ ภายใต้สภาวะอ่อนโยน ซึ่งเข้ากันได้กับการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง โครงสร้างกรดเมทอกซีบิวทาโนอิกนำเสนอความยืดหยุ่นในการคอนฟอร์เมชันและสามารถมีอิทธิพลต่อการพับตัวของเปปไทด์หรือกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้กันทั่วไปในการเตรียมเปปไทโดมิมเมติกส์และสารกลางทางเภสัชกรรม โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกรณีที่ความบริสุทธิ์ทางสเตอรีโอเคมีมีความสำคัญ