ใช้อย่างแพร่หลายในชีวเคมีและชีววิทยาโมเลกุลสำหรับการทำเครื่องหมายและตรวจจับโปรตีน สารนี้ช่วยให้เกิดการไบโอตินิเลชันของอะมีนปฐมภูมิในโปรตีนและโมเลกุลอื่นๆ โดยจับกับหมู่อะมิโนของลิซีน ส่งเสริมการจับหรือตรวจจับโดยใช้ระบบสเตรปทาวิดินหรือเอวิดิน เนื่องจากมีธรรมชาติที่ไม่สามารถผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ได้ จึงนิยมใช้ในการทำเครื่องหมายพื้นผิวเซลล์ เพื่อแท็กโปรตีนนอกเซลล์อย่างเลือกสรร ใช้ใน pull-down assays เพื่อแยกคอมเพล็กซ์โปรตีนและศึกษาการโต้ตอบโปรตีน-โปรตีน นอกจากนี้ยังใช้ในเทคนิคต่างๆ เช่น ELISA, Western blotting, flow cytometry ที่ต้องการการตรวจจับที่มีความไวสูง การติดตามการจับตัวของโปรตีน การแยกโปรตีนด้วยการดูดซับแบบเฉพาะเจาะจง (affinity purification) หรือการศึกษาการกระจายตัวของโปรตีนในเซลล์ แขน spacer ยาวช่วยปรับปรุงการเข้าถึงจุดยึดสเตรปทาวิดิน เพิ่มประสิทธิภาพการตรวจจับ และเสถียรในสารละลายน้ำ ทำให้เหมาะสำหรับการทำเครื่องหมายภายใต้สภาวะทางสรีรวิทยา