ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานเป็นเปปไทด์ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้งโปรติเอส (protease inhibitors) ศูนย์ chiral และกลุ่มอะมีนที่ได้รับการป้องกันทำให้มีคุณค่าในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์แบบเฟสแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ซึ่งต้องการขั้นตอนการจับคู่และถอดป้องกันอย่างเลือกสรร กลุ่ม fluorenylmethyloxycarbonyl (Fmoc) ช่วยให้การป้องกันที่ละลายได้ด้วยเบสอ่อน สามารถประกอบเปปไทด์ที่ซับซ้อนทีละขั้นตอน ส่วนของ chloro-methoxyphenyl ให้ความจำเพาะทางโครงสร้าง ซึ่งมักถูกนำมาใช้ในยาที่เล็งเป้าเอนไซม์ที่มีกระเป๋ารับรู้แบบอะโรมาติก นิยมใช้ในงานวิจัยสำหรับออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่มีกิจกรรม รวมถึงยาต้านไวรัสและยาต้านมะเร็ง