ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นหน่วยย่อยกรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน ซึ่งมีประสิทธิภาพสูงในการนำหมู่ trifluoromethyl-modified residues เข้าสู่โซ่เปปไทด์ หมู่ Fmoc ช่วยในการป้องกันแบบ base-labile อ่อน ทำให้เข้ากันได้กับกลยุทธ์การสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง Stereochemistry ของสารช่วยในการสร้างโครงสร้างเปปไทด์แบบ chiral ด้วยการกำหนด configuration ที่ชัดเจน

หมู่ trifluoromethyl (CF3) ซึ่งเป็นกลุ่มดึงอิเล็กตรอน ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและความสามารถในการซึมผ่านเมมเบรนในเปปไทด์ที่ได้ ซึ่งมีประโยชน์ในการพัฒนายา โดยเพิ่มความเป็นน้ำมันของโมเลกุลเพื่อปรับคุณสมบัติด้านการละลายและการซึมผ่านเมมเบรน นิยมใช้ในการเตรียมเปปไทด์ชีวภาพและ peptidomimetics โดยเฉพาะที่ต้องการคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ที่ดีขึ้น ในงานวิจัยเภสัชกรรมและการออกแบบสารออกฤทธิ์ใหม่