สารนี้ใช้เป็นตัวตั้งต้นหรือตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์เพปไทด์ โดยเฉพาะในงานวิจัยที่ต้องการศึกษาหรือพัฒนาโมเลกุลที่มีโครงสร้างเฉพาะทางชีวภาพ เนื่องจากมีหมู่ Fmoc (fluorenylmethyloxycarbonyl) ซึ่งใช้ป้องกันหมู่อะมิโนในขั้นตอนการสังเคราะห์เพปไทด์แบบแข็ง (solid-phase peptide synthesis) ทำให้สามารถควบคุมลำดับของกรดอะมิโนได้อย่างแม่นยำ

โครงสร้างที่มีนิวเคลียสแบบนาฟทาลีนช่วยเพิ่มคุณสมบัติในการละลายในตัวทำละลายอินทรีย์ และช่วยให้สารมีความคงตัวในระหว่างกระบวนการสังเคราะห์ โดยหมู่อะโรมาติกขนาดใหญ่จากนาฟทาลีนสามารถมีอิทธิพลต่อการกำหนดรูปร่างของเพปไทด์ (peptide conformation) และเพิ่มความเลือกในการจับคู่ (binding selectivity) ในเพปไทด์ชีวภาพที่ใช้งานได้ นอกจากนี้ โครงสร้างที่ไม่สมมาตร (chiral center) ทำให้สารนี้เหมาะสำหรับการสร้างเพปไทด์ที่ต้องการความเฉพาะเจาะจงทางชีวภาพ เช่น ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์ (enzyme inhibitors) ลิแกนด์สำหรับตัวรับ (receptor ligands) หรือยาที่มีเป้าหมายเฉพาะเจาะจง

โดยทั่วไปจึงนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยด้านชีวเคมีและเภสัชกรรม สำหรับการสร้างโมเลกุลจำลองหรือสารต้นแบบของยา นอกจากนี้ โครงสร้างของสารยังเหมาะสำหรับงานวิจัยด้านการสังเคราะห์แบบไม่สมมาตร (asymmetric synthesis) และการออกแบบตัวเร่งปฏิกิริยาแบบ chiral