ใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เปปไทด์ สารประกอบนี้ทำหน้าที่เป็นอนุพันธ์กรดอะมิโนที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะสำหรับการนำอนุโลมทริปโตเฟนเข้าไปในโซ่เปปไทด์ หมู่ Fmoc ให้การป้องกันแบบออร์โธกอนอล ซึ่งช่วยให้สามารถถอดการป้องกันอย่างเลือกเฉพาะใต้สภาวะเบสอ่อน ขณะที่รักษาความเสถียรระหว่างการสังเคราะห์แบบเฟสแข็ง โซ่ข้างอินโดลช่วยให้สามารถศึกษาการโต้ตอบของเปปไทด์ที่เกี่ยวข้องกับสารตกค้างหอมและไฮโดรโฟบิก ใช้บ่อยในการผลิตเปปไทด์ชีวภาพ ซับสเตรตเอนไซม์ และอินเทอร์มีเดียตเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการวิจัยที่มุ่งเป้าไปที่ลิแกนด์รีเซพเตอร์และโมเลกุลส่งสัญญาณ สเตอรีโอเคมีช่วยให้มั่นใจในโครงสร้างคีรอลที่ถูกต้องในผลิตภัณฑ์เปปไทด์สุดท้าย ซึ่งสำคัญต่อกิจกรรมทางชีวภาพ