ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบทางเคมีที่มีโครงสร้างเป็นมอร์โฟลีนหรือสารอนุพันธ์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้น (building block) ในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในงานวิจัยและพัฒนายา ซึ่งโครงสร้างที่มีหมู่ N-Boc ที่ป้องกันหมู่อะมีนและวงแหวนมอร์โฟลีนช่วยให้ควบคุมการเกิดปฏิกิริยาได้อย่างมีเลือกเฟ้น โดยเฉพาะในระบบสังเคราะห์แบบไม่สมมาตร (asymmetric synthesis) นอกจากนี้ยังนิยมใช้ในขั้นตอนการป้องกันหมู่อะมีน (amine protecting group strategy) เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดปฏิกิริยาข้างเคียงระหว่างกระบวนการสังเคราะห์