สารนี้ใช้เป็นตัวตั้งต้นสำคัญในกระบวนการสังเคราะห์เปปไทด์ โดยเฉพาะในเทคนิค Fmoc solid-phase peptide synthesis (Fmoc-SPPS) ซึ่งเป็นวิธีการสร้างเปปไทด์อย่างมีประสิทธิภาพและควบคุมลำดับของกรดอะมิโนได้แม่นยำ กลุ่ม Fmoc (9H-Fluoren-9-ylmethoxycarbonyl) ทำหน้าที่เป็นหมู่ป้องกันปลายอะมิโน (amine protecting group) ที่สามารถถอดออกได้ภายใต้สภาวะเบสอ่อน เช่น ใช้เพอีน (piperidine) ทำให้สามารถสร้างพันธะเปปไทด์ทีละขั้นตอนได้โดยไม่ทำให้เกิดปฏิกิริยาข้างเคียง โครงสร้างที่มีวงแหวนเมทอกซีฟีนิล (2-methoxyphenyl) ช่วยเพิ่มความเป็นอสมมาตรและสามารถใช้ในการศึกษาเกี่ยวกับความจำเพาะของสารตั้งต้นในปฏิกิริยาเคมี รวมถึงการพัฒนาสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมที่ต้องการควบคุมรูปแบบของสเตอริโอไอเมอร์ (stereochemistry) อย่างเข้มงวด นอกจากนี้ ยังนิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อสร้างไลบรารีของเปปไทด์หรือเปปทิดอมิเมติก (peptidomimetics) สำหรับคัดกรองสารออกฤทธิ์ใหม่ ๆ ที่อาจนำไปสู่การพัฒนายาในอนาคต