สารนี้ใช้กันอย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์เพปไทด์ โดยทำหน้าที่เป็นตัวตั้งต้นอะมิโนกรดที่ได้รับการป้องกัน โดยเฉพาะสำหรับการนำหมู่พัก hydrophobic ที่มีฟลูออรีน trifluorinated เข้าสู่โซ่เพปไทด์ กลุ่ม Fmoc ช่วยให้การป้องกันที่ละลายได้ด้วยเบสอ่อน สนับสนุนการประกอบเพปไทด์แบบ stepwise โดยใช้เทคนิค solid-phase

หมู่ trifluoromethyl ในโครงสร้างช่วยเพิ่มความเสถียรภาพของเพปไทด์ และสามารถมีอิทธิพลต่อ conformation, membrane permeability, และ binding affinity ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนา bioactive peptides และ peptidomimetics

มักใช้ใน medicinal chemistry สำหรับการออกแบบ enzyme inhibitors หรือ receptor ligands โดยที่การ fluorination ช่วยปรับปรุง metabolic resistance และ bioavailability