SANT-2 ใช้หลักๆ ในงานวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชวิทยา ในฐานะสารยับยั้งแบบเลือกสรรของตัวรับ Smoothened (SMO) ซึ่งเป็นส่วนประกอบสำคัญของเส้นทางสัญญาณ Hedgehog (Hh) เส้นทางนี้มีบทบาทสำคัญในการพัฒนาการตัวอ่อน การรักษาสมดุลเนื้อเยื่อ และการลุกลามของมะเร็ง โดยการยับยั้ง SMO, SANT-2 สามารถยับยั้งการสัญญาณ Hedgehog ที่ผิดปกติได้อย่างมีประสิทธิภาพ ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าในการศึกษากลไกของเส้นทางและการตรวจสอบเป้าหมายการรักษา

ใช้กันทั่วไปในงานวิจัยมะเร็ง โดยเฉพาะในโมเดลของมะเร็งเซลล์ basal (basal cell carcinoma), มะเร็ง medulloblastoma และเนื้องอกอื่นๆ ที่ขับเคลื่อนโดยการกระตุ้นเส้นทาง Hedgehog นักวิจัยใช้ SANT-2 เพื่อตรวจสอบผลกระทบของการยับยั้งเส้นทางต่อการเพิ่มจำนวนเซลล์ การแยกตัว และการตายของเซลล์แบบ apoptosis เนื่องจากความเลือกสรรของมัน ช่วยแยกแยะผลกระทบที่ขึ้นกับ SMO จากการกระทำนอกเป้าหมายในสถานการณ์ทดลอง

SANT-2 ยังใช้เพื่อเปรียบเทียบประสิทธิภาพและกลไกการออกฤทธิ์กับตัวยับยั้ง SMO อื่นๆ ช่วยในการพัฒนายาแก้มะเร็งที่ดียิ่งขึ้น การประยุกต์ใช้ของมันยังคงจำกัดอยู่ที่การศึกษาในหลอดทดลองและการศึกษาในสัตว์ก่อนคลินิก ทำหน้าที่เป็นตัวสำรวจวิจัยมากกว่าเป็นยารักษา