ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายากลุ่มระบบประสาทส่วนกลางและยาต้านอาการซึมเศร้า โครงสร้างฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพในยาที่เป็นผู้สมัคร นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของยาฆ่าแมลงและวัชอุทิศ เนื่องจากคุณสมบัติไลโปฟิลิกที่เกิดจากหมู่ไตรฟลูออร์เมทิล ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม โดยที่วงแหวนไซโคลเฮกซานอลและตัวแทนฟลูออรีนช่วยในการจับเป้าหมายและความเลือกสรร