ใช้ในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะอย่างยิ่งเป็นสารตั้งต้นในการผลิตยาต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ หมู่ไตรฟลูออโรมิทิลช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาเพื่อปรับปรุงคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ นอกจากนี้ยังใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร รวมถึงสารกำจัดวัชพืชและสารกำจัดเชื้อรา เนื่องจากลักษณะการดูดอิเล็กตรอนของกลุ่ม CF3 ที่สามารถเพิ่มความเสถียรและกิจกรรมของสารประกอบ ทำหน้าที่เป็นบล็อกก่อสร้างในการสังเคราะห์อินทรีย์สำหรับการสร้างโมเลกุลซับซ้อนในการวิจัยเคมียารักษาโรค