ใช้เป็นตัวทำให้เกิดปฏิกิริยาในกระบวนการสังเคราะห์สารอินทรีย์ โดยเฉพาะสำหรับการนำกลุ่มไตรฟลูออโรอะซิทิลเข้าสู่สารตั้งต้นที่อ่อนไหว มีประสิทธิภาพในการปกป้องกลุ่มไฮดรอกซิลและอะมิโนเนื่องจากมีความเลือกจำเพาะสูงและสภาวะปฏิกิริยาที่อ่อนโยน ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์ยาที่ต้องการสารประกอบฟลูออรีน เนื่องจากกลุ่มไตรฟลูออโรอะซิทิลสามารถทำหน้าที่เป็นกลุ่มปกป้องหรือเป็นสารตั้งต้นสำหรับโมเลกุลที่มีกลุ่มไตรฟลูออโรเมทิล นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีเปปไทด์เพื่อป้องกันการเกิดเรคเคมีเซชันระหว่างขั้นตอนการจับคู่ ความเสถียรและความง่ายในการกำจัดภายใต้สภาวะเบสอ่อนทำให้มีคุณค่าในเส้นทางสังเคราะห์หลายขั้นตอน