ใช้หลักในฐานะสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ หมู่ acyl chloride ที่ทำปฏิกิริยาได้ง่ายช่วยให้รวมเข้าในโมเลกุลขนาดใหญ่ได้สะดวก ทำให้มีคุณค่าสำหรับการสร้างสารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน ใช้บ่อยในการเตรียมสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าเชื้อรา เนื่องจากหมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีให้ความคงตัวและไลโปฟิลิก นอกจากนี้ยังใช้ในเคมีเภสัชกรรมเพื่อพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยหมู่ไตรฟลูออร์เมทอกซีสามารถเพิ่มความคงตัวทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเมมเบรน ใช้บ่อยในงานวิจัยเพื่อพัฒนาสารออกฤทธิ์ใหม่ที่ต้องการชิ้นส่วนอะโรมาติกฟลูออรีน เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสร้างโครงสร้างเบนซามายด์ที่พบในผลิตภัณฑ์ยาหลายชนิด