ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง หมู่ทริฟลูออร์เมทอกซีช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและลิโพฟิลิก ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบยาเพื่อปรับปรุงชีวเภสัชจลนศาสตร์และการจับติดเป้าหมาย นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับการสร้างสารกำจัดวัชพืชและยาฆ่าแมลง เนื่องจากคุณสมบัติดึงอิเล็กตรอนของหมู่ทริฟลูออร์เมทอกซี ซึ่งสามารถเพิ่มความคงทนและกิจกรรมของสารประกอบ ใช้อย่างแพร่หลายในงานวิจัยสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) ที่เกี่ยวข้องกับอนุพันธ์กรดคาร์บอกซิลิก