ใช้อย่างแพร่หลายในสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการเตรียมสารประกอบฟลูออรีนสำหรับเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร หมู่ไอโซธิโอไซยาเนตทำปฏิกิริยาได้ง่ายกับอะมีนเพื่อสร้างอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งเป็นสารนำร่องที่มีคุณค่าในการพัฒนายา อะตอมฟลูออรีนที่ดึงอิเล็กตรอนช่วยเพิ่มปฏิกิริยาและมีผลต่อความเสถียรและ bioavailability ของผลิตภัณฑ์ที่ได้ นิยมใช้ในการสังเคราะห์ยับยั้ง kinase และโมเลกุลชีวภาพอื่นๆ นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับออกแบบพอลิเมอร์ฟังก์ชันและเซ็นเซอร์เนื่องจากคุณสมบัติอิเล็กทรอนิกส์และปฏิกิริยาที่ไม่เหมือนใคร เนื่องจากหมู่ไอโซธิโอไซยาเนตสามารถทำปฏิกิริยากับหมู่อะมิโนได้ดี จึงเหมาะสำหรับการเชื่อมโยงโมเลกุลในโปรตีนหรือเปปไทด์ และนิยมใช้ในงานวิจัยด้านชีวเคมีสำหรับสารติดตามหรือตัวติดฉลากในระบบชีวภาพ