ใช้เป็นตัวกลาง (intermediate) ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารประกอบทางเภสัชกรรม ทำหน้าที่เป็นสารเคมีป้องกัน (protecting group) สำหรับหมู่อะมีน เนื่องจากพันธะคาร์บาเมตมีความเสถียรภายใต้สภาวะปฏิกิริยาต่างๆ วงแหวนมอร์โฟลีนช่วยเพิ่มความละลายและสามารถมีผลต่อคุณสมบัติเภสัชจลนศาสตร์ของโมเลกุลในกระบวนการออกแบบยา ใช้กันทั่วไปในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงสารต้านไวรัสและสารต้านมะเร็ง ซึ่งต้องการการควบคุมการทำงานของหมู่อะมีน หมู่เทอร์ต-บิวทิลช่วยให้สามารถกำจัดสารป้องกันได้ง่ายภายใต้สภาวะกรดอ่อน ทำให้มีคุณค่าต่อเส้นทางสังเคราะห์หลายขั้นตอน