ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาต้านการอักเสบและยาต้านมะเร็ง หมู่ซัลโฟนิลคลอไรด์ทำปฏิกิริยากับเอมีนและแอลกอฮอล์ได้ง่าย ทำให้มีคุณค่าในการสร้างอนุพันธ์ซัลโฟนามายด์และเอสเตอร์ซัลโฟเนต ใช้กันทั่วไปในเคมียารักษาเพื่อปรับเปลี่ยนยาตัวสมัครให้มีเสถียรภาพทางเมแทบอลิซึมและความสัมพันธ์ในการจับคู่ที่ดีขึ้น นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโพลิเมอร์ที่ถูกฟังก์ชันไนซ์และผลึกเหลว เนื่องจากโครงสร้างอะโรมาติกที่แข็งและหมู่ไตรฟลูออร์เมทิลที่ดึงอิเล็กตรอน รวมถึงการใช้เป็นสารตั้งต้นในการสร้างซัลโฟนามายด์ซึ่งเป็นโครงสร้างสำคัญในยาต้านจุลชีพ ยาลดน้ำตาลในเลือด และยาต้านการอักเสบ และในงานวิจัยเคมีวัสดุและเคมีเชิงฟังก์ชัน เนื่องจากหมู่ไตรฟลูออร์เมทิลช่วยเพิ่มความคงตัวและความสามารถในการละลายในตัวทำละลายอินทรีย์