ใช้ Rapid Endonazyme HpaII ในการตัดดีเอ็นเอที่ลำดับนิวคลีโอไทด์เฉพาะเจาะจง โดยจำแนกลำดับ CCGG และตัดระหว่าง C และ G ทำให้เกิดชิ้นดีเอ็นเอที่มีปลายติดกัน (sticky ends) ซึ่งเหมาะสำหรับการวิเคราะห์เมทิลเลชันของดีเอ็นเอ เนื่องจาก HpaII ไม่สามารถตัดดีเอ็นเอที่มีการเมทิลเลชันที่ไซโทซีนในลำดับ CCGG ได้ จึงนิยมใช้ในงานวิจัยด้านอีพิเจเนติกส์ เช่น การศึกษาการควบคุมยีนที่เกี่ยวข้องกับมะเร็งหรือการพัฒนาของเซลล์ นอกจากนี้ยังใช้ร่วมกับเทคนิคต่างๆ เช่น Southern blot, การทำเมธิลเลชันโปรไฟล์ หรือการเตรียมไลบรารีสำหรับการถอดรหัสจีโนม