คลอโปรสเตนอลใช้กันอย่างแพร่หลายในสัตวแพทย์ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในการจัดการหน้าที่การสืบพันธุ์ในปศุสัตว์ โดยหลักแล้วใช้เพื่อทำให้การเป็นสัดตรงกันในวัว เพื่อให้โปรแกรมการเพาะพันธุ์มีประสิทธิภาพมากขึ้น โดยการกระตุ้นการสลายตัวของรังไข่ (luteolysis) ช่วยในการกำหนดเวลาการตกไข่ ซึ่งมีความสำคัญต่อการผสมเทียม นอกจากนี้ ยังใช้ในการรักษาโรคเช่น pyometra และ endometritis เรื้อรังในวัว ช่วยในการขับไล่เนื้อหาในมดลูกและปรับปรุงความอุดมสมบูรณ์ ในหมู ใช้ในการควบคุมเวลาการคลอด เพื่อให้การเกิดลูกเกิดขึ้นในช่วงเวลาที่เหมาะสมสำหรับการจัดการ ความสามารถในการควบคุมวัฏจักรการสืบพันธุ์ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่ากในการเพิ่มผลผลิตและสุขภาพในการเลี้ยงสัตว์