ใช้เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์ยาและสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการนำหมู่ difluoromethyl เข้าสู่โมเลกุลอินทรีย์ ช่วยในการเตรียมโครงสร้างพื้นฐานฟลูออรีนสำหรับการพัฒนายา เนื่องจากสามารถเข้าร่วมในปฏิกิริยาการแทนที่นิวคลีโอฟิลิกและการเอสเทอริฟิเคชัน นิยมใช้ในการผลิตยาแก้ปวดต้านการอักเสบที่ไม่ใช่สเตียรอยด์ (NSAIDs) และสารกำจัดวัชพืชบางชนิด ซึ่งอะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและ bioavailability นอกจากนี้ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยสำหรับการพัฒนาสารประกอบฟลูออรีนใหม่ที่มีกิจกรรมทางชีวภาพที่ปรับแต่งได้