อัลคิลลีนมาลโลโนไนไตรล์ทำหน้าที่เป็นตัวกลางปฏิกิริยาที่ตอบสนองได้ในสังเคราะห์อินทรีย์ ช่วยในการสร้างโครงสร้างเฮเทอโรไซคลิกผ่านปฏิกิริยาการควบแน่น ซึ่งมักใช้ในการพัฒนายาเภสัชภัณฑ์