ใช้กรดไฮโปฟอสฟอริกในการสังเคราะห์สารเคมีอินทรีย์ โดยเฉพาะในการลดสารออกซิไดซ์หรือเป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในกระบวนการเคมีบางชนิด นิยมใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาพฤติกรรมของฟอสฟอรัสในสภาวะออกซิเดชันต่ำ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในอุตสาหกรรมเคลือบผิวโลหะเพื่อป้องกันการกัดกร่อน และบางครั้งใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตเกลือของฟอสฟอรัสที่มีคุณสมบัติพิเศษ เช่น เกลือที่ใช้ในระบบบำบัดน้ำหรือในผลิตภัณฑ์ดูแลโลหะ