ไดเอทิลทรานส์-3-เฮกซีนไดโอเอท เป็นสารเคมีพิเศษที่ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตสารละเอียด เช่น อิสเตอร์และน้ำหอม ซึ่งพันธะคู่ทรานส์ตรงกลางช่วยให้เกิดปฏิกิริยาที่เลือกสรรสเตอริโอ เช่น อะพอกซิเดชัน ไดไฮดรอกซิเลชัน หรือไฮโดรเจนเนชัน เพื่อให้ได้สเตอริโอไอโซเมอร์เฉพาะ กลุ่มเอสเตอร์สองหัวช่วยในการเอสเทอร์รีฟิเคชัน ทรานส์เอสเทอร์รีฟิเคชัน หรือเป็นตัวเชื่อมในกระบวนการสังเคราะห์หลายขั้นตอน ในเคมีพอลิเมอร์ ใช้เป็นโคโมนอเมอร์ในการสังเคราะห์โพลีเอสเตอร์ไม่อิ่มตัวหรือเป็นสารตั้งต้นสำหรับตัวทำปฏิกิริยาข้ามพันธะ แตกต่างจากสารเคมีทั่วไป บทบาทเฉพาะทางในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนที่ควบคุมสเตอริโอทำให้เป็นสารเคมีพิเศษ