เอทิลอะซิติมิเดตไฮโดรคลอไรด์ใช้หลักในการวิจัยทางชีวเคมีเป็นสารเคมีสำหรับปรับเปลี่ยนโปรตีนและเพปไทด์ โดยเฉพาะมีคุณค่าต่อการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ของโปรตีน ซึ่งช่วยในการปรับเปลี่ยนรากไลซีนอย่างเลือกสรร สารเคมีนี้ยังใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ต่างๆ รวมถึงยาและสารเคมีเกษตร เนื่องจากสามารถทำหน้าที่เป็นสารกลางที่หลากหลาย นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในการเตรียมเอสเตอร์อิมีเดต ซึ่งมีประโยชน์ในการแปลงเคมีเพิ่มเติม บทบาทในการเชื่อมขวางชีวโมเลกุลทำให้เป็นเครื่องมือสำคัญในการทำความเข้าใจปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุลและพัฒนาวัสดุขั้นสูง